Muzeum, mieszczące się w zamku rycerskim z końca XIII wieku, wzniesionym na półwyspie nad Jeziorem Zuryskim, ma za sobą przeszło 130-letnią tradycję, ściśle związaną z biegiem dziejów Polski w ostatnich dwóch stuleciach. Historia Muzeum Polskiego w Rapperswilu obejmuje trzy okresy (1870-1927, 1936-1952 oraz od 1975 do chwili obecnej), w których działało ono w różnych formach, zależnych od sytuacji politycznej w Polsce. 

Istotną cechą działalności Muzeum była zawsze zgodna współpraca Polaków ze Szwajcarami, którzy popierali polskie aspiracje wolnościowe i byli rzecznikami polskiej przynależności ideowo-kulturowej do Europy Zachodniej. Trwałość polskiego muzeum w Rapperswilu oraz solidarność Szwajcarów z Polakami ma swoje źródło we wspólnych ideałach obu narodów.

Zalążek obecnego muzeum stworzyło w 1954 r. polsko-szwajcarskie Towarzystwo Przyjaciół Muzeum Polskiego w Rapperswilu. Jego twórcami byli Szwajcarzy oraz polscy emigranci nie akceptujący władzy komunistycznej w Polsce. Towarzystwo było organizatorem szeregu wystaw czasowych o tematyce polskiej i polsko-szwajcarskiej, w tym w 1973 r. dużej i cieszącej się powodzeniem wystawy upamiętniającej 500-lecie urodzin Kopernika.

Obecne Muzeum Polskie w Rapperswilu zostało otwarte w 1975 r., jako "okno wolnej Polski na wolnej ziemi Helwetów". W ciągu ćwierćwiecza odwiedziło je przeszło 300.000 gości. Niejednemu z nich muzeum zawdzięcza cenne dary. W czasie "Solidarności" i w latach stanu wojennego (1981-1983) liczba zwiedzających dochodziła do 30.000 osób rocznie. Dla Polaków w kraju i na emigracji muzeum i organizowane w nim imprezy stały się wtedy symbolem żywej Polski niepodległej.

Placówka powstała i prowadzi swą działalność dzięki wysiłkowi społecznemu wielu osób. Cała kadra pracowników muzeum to wolontariusze, przeważnie zamieszkali w Szwajcarii, a także specjaliści dojeżdżający z Polski. Od r.1978 Muzeum jest wspomagane finansowo przez Polską Fundację Kulturalną "Libertas" w Rapperswilu. 

Dla Polaków i Szwajcarów nie straciło aktualności hasło wyryte na stojącej przed rapperswilskim zamkiem "Polskiej Kolumnie Wolności": "MAGNA RES LIBERTAS" - WOLNOŚĆ TO WIELKA RZECZ.